Positiv wertet der Fachverband Biogas die Aussage der Sachverständigen, dass die verstärkte Gülleverwertung in kleineren an die landwirtschaftlichen Betriebe angepassten Biogasanlagen forciert werden solle. Die pauschale Kritik am Energiepflanzenanbau, für den nur unzureichende Anforderungen bestünden, weist der Fachverband Biogas entschieden zurück. Genau wie bei der Produktion von Nahrungsmitteln müssen Landwirte in Deutschland auch beim Anbau von Energiepflanzen zahlreiche Gesetze einhalten. Neben den EU-Vorgaben aus Cross Compliance gelten beispielsweise das Bundesbodenschutzgesetz, das Pflanzenschutzgesetz, das Naturschutzgesetz, die Düngeverordnung und die Düngemittelverordnung.
Im Jahr 2010 wurden in Deutschland insgesamt rund 2,3 Mio. ha Mais angebaut. Davon wurden 0,5 Mio. ha für die ca. 6.000 Biogasanlagen benötigt. Richtig ist, dass in einigen Regionen mit sehr hohen Viehbeständen Biogasanlagen den ohnehin für die Viehfütterung hohen Maisanteil in der Fruchtfolge noch ein Stück erhöht haben. Diese Entwicklung ist jedoch nicht dem Bonus für Nachwachsende Rohstoffe (NawaRo-Bonus) zuzuschreiben, sondern der falschen Ausgestaltung des Güllebonus. Die Addition von NawaRo- und Güllebonus in den deutschen „Güllehochburgen“ hat erst zu den heutigen Diskussionen geführt. Deshalb ist im EEG 2012 eine Korrektur beim Güllebonus notwendig. Die Abschaffung des NawaRo-Bonus würde eine ganze Branche gefährden und das Biogaspotenzial erheblich beschneiden. Darüber hinaus betrachtet das SRU-Gutachten nur den Stromsektor allein. Neben der wichtigen Funktion des Biogases im Stromsystem, ist Biogas der effizienteste Biokraftstoff. Auch der Ersatz von Erdgas, das für einige Industrieprozesse unentbehrlich ist, wird eine zukünftige Herausforderung für Biogas sein. Insofern kann auf das Energiepflanzenpotenzial nicht verzichtet werden. Der NawaRo-Bonus treibt die Entwicklung von neuen effizienten Energiepflanzensorten und Anbauverfahren durch eine ganze Reihe von führenden Unternehmen in Deutschland voran und verschafft Deutschland bei Energiepflanzen und der Biogastechnik insgesamt die Weltmarktführerschaft.
Für eine EEG-Überarbeitung empfiehlt der SRU bei der Biogasförderung vollständig auf ein Marktprämiensystem im EEG umzustellen. In diesem System müsste der zukünftige Anlagenbetreiber seinen Strom selbst vermarkten und die Differenz zwischen erzielbaren Marktpreis und EEG-Vergütung würde die so genannte Marktprämie auffüllen. Der Fachverband Biogas bezweifelt, dass mit diesem System noch Standort angepasste Biogasanlagen möglich sind. Die geringere Investitionssicherheit und der Mehraufwand für die Marktbeobachtung würden der konventionellen Energiewirtschaft deutliche Marktvorteile gegenüber den dezentralen Akteuren verschaffen. Eine Entwicklung zu großen nicht in die ländlichen Strukturen integrierbare Biogasanlagen würde stark angereizt.